CDX1

Caudal type homeobox 1尾型同源框1
标识
代号 CDX1; MGC116915
扩展标识 遗传学:600746 鼠基因:88360 同源基因:1366 GeneCards: CDX1 Gene
基因本体论描述
分子功能 · RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific DNA binding

· RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific DNA binding transcription factor activity involved in positive regulation of transcription

· protein binding
细胞成分 · nucleus
生物过程 · organ morphogenesis

· anterior/posterior pattern specification
· positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter

· bone morphogenesis
Sources: Amigo / QuickGO
RNA表达模式
更多表达数据
直系同源体
物种 人类 小鼠
Entrez 1044 12590
Ensembl ENSG00000113722 ENSMUSG00000024619
UniProt P47902 P18111
mRNA序列 NM_001804 NM_009880
蛋白序列 NP_001795 NP_034010
基因位置 Chr 5:
149.55 – 149.56 Mb
Chr 18:
61.02 – 61.04 Mb
PubMed查询 [1] [2]

同源框蛋白CDX-1(Homeobox protein CDX-1)是一种由基因CDX1编码的蛋白质[1][2]

该基因是尾型同源框转录因子基因家族的一员。其编码的DNA结合蛋白用以调控肠道特异性基因的表达和肠上皮细胞的分化。已知它能诱导肠道碱性磷酸酶的表达,并抑制β-连环素和T细胞因子的转录活性[2]

参考文献

  1. ^ Bonner CA, Loftus SK, Wasmuth JJ. Isolation, characterization, and precise physical localization of human CDX1, a caudal-type homeobox gene. Genomics. Feb 1996, 28 (2): 206–11. PMID 8530027. doi:10.1006/geno.1995.1132. 
  2. ^ 2.0 2.1 Entrez Gene: CDX1 caudal type homeobox transcription factor 1. 

延伸阅读

  • Dixon, Jill; Edwards, Sara J.; Gladwin, Amanda J.; Dixon, Michael J.; Loftus, Stacie K.; Bonner, Cynthia A.; Koprivnikar, Kathryn; Wasmuth, John J. Positional cloning of a gene involved in the pathogenesis of Treacher Collins syndrome. The Treacher Collins Syndrome Collaborative Group. Nat. Genet. 1996, 12 (2): 130–6. PMID 8563749. doi:10.1038/ng0296-130. 
  • Mallo GV, Rechreche H, Frigerio JM; et al. Molecular cloning, sequencing and expression of the mRNA encoding human Cdx1 and Cdx2 homeobox. Down-regulation of Cdx1 and Cdx2 mRNA expression during colorectal carcinogenesis. Int. J. Cancer. 1997, 74 (1): 35–44. PMID 9036867. doi:10.1002/(SICI)1097-0215(19970220)74:1<35::AID-IJC7>3.0.CO;2-1.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Mizoshita T, Inada K, Tsukamoto T; et al. Expression of Cdx1 and Cdx2 mRNAs and relevance of this expression to differentiation in human gastrointestinal mucosa--with special emphasis on participation in intestinal metaplasia of the human stomach. Gastric Cancer. 2002, 4 (4): 185–91. PMID 11846061. doi:10.1007/PL00011741.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Suh ER, Ha CS, Rankin EB; et al. DNA methylation down-regulates CDX1 gene expression in colorectal cancer cell lines. J. Biol. Chem. 2002, 277 (39): 35795–800. PMID 12124393. doi:10.1074/jbc.M205567200.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
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  • Wong NA, Britton MP, Choi GS; et al. Loss of CDX1 expression in colorectal carcinoma: Promoter methylation, mutation, and loss of heterozygosity analyses of 37 cell lines. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101 (2): 574–9. PMC 327189可免费查阅. PMID 14704280. doi:10.1073/pnas.0307190101.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Rankin EB, Xu W, Silberg DG, Suh E. Putative intestine-specific enhancers located in 5' sequence of the CDX1 gene regulate CDX1 expression in the intestine. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2004, 286 (5): G872–80. PMID 14715525. doi:10.1152/ajpgi.00326.2003. 
  • Béland M, Pilon N, Houle M; et al. Cdx1 Autoregulation Is Governed by a Novel Cdx1-LEF1 Transcription Complex. Mol. Cell. Biol. 2004, 24 (11): 5028–38. PMC 416402可免费查阅. PMID 15143193. doi:10.1128/MCB.24.11.5028-5038.2004.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Guo RJ, Huang E, Ezaki T; et al. Cdx1 inhibits human colon cancer cell proliferation by reducing beta-catenin/T-cell factor transcriptional activity. J. Biol. Chem. 2004, 279 (35): 36865–75. PMID 15215241. doi:10.1074/jbc.M405213200.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA; et al. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 2004, 14 (10B): 2121–7. PMC 528928可免费查阅. PMID 15489334. doi:10.1101/gr.2596504.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Alkhoury F, Malo MS, Mozumder M; et al. Differential regulation of intestinal alkaline phosphatase gene expression by Cdx1 and Cdx2. Am. J. Physiol. Gastrointest. Liver Physiol. 2005, 289 (2): G285–90. PMID 15774940. doi:10.1152/ajpgi.00037.2005.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)
  • Wong NA, Wilding J, Bartlett S; et al. CDX1 is an important molecular mediator of Barrett's metaplasia. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102 (21): 7565–70. PMC 1140438可免费查阅. PMID 15894614. doi:10.1073/pnas.0502031102.  引文格式1维护:显式使用等标签 (link)

外部链接


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(1) 碱性结构域
(1.1)碱性亮氨酸拉链
bZIP英语bZIP domain
转录激活因子英语Activating transcription factorAATF英语Apoptosis-antagonizing transcription factor1、2、3、4、5、6、7) · AP-1(c-Fos、FOSB、FOSL1、FOSL2、c-Jun、JUNB、JUND) · BACH(1、2) · BATF · BLZF1 ·
C/EBPαβγδ、ε、ζ) · CREB(1、3、L1) · CREM · DBP · DDIT3 · GABPA · Gcn4 · HLF · MAF(B、F、G、K) ·
NFE(2、L1、L2、L3) · NFIL3 · NRL · NRF(1、2、3) · XBP1
(1.2)碱性螺旋-环-螺旋
bHLH
ATOH1 · AhR · AHRR · ARNT · ASCL1 · BHLHB2 · BMAL(ARNTL、ARNTL2) · CLOCK · EPAS1 · HAND(1、2) · HES(5、6) ·
HEY(1、2、L) · HES1 · HIF(1A、3A) · ID(1、2、3、4) · LYL1 · MXD4 · MYCL1 · MYCN · Neurogenins(1、2、3 ·
肌形成调节因子英语Myogenic regulatory factors(MyoD、成肌蛋白、MYF5、MYF6) · NeuroD(1、2) · NPAS(1、2、3) · OLIG(1、2) · Pho4 ·
Scleraxis · TAL(1、2) · Twist · USF1
(1.3)bHLH-ZIP英语Basic helix-loop-helix leucine zipper transcription factors
AP-4 · MAX · MITF · MNT · MLX · MXI1 · Myc · SREBP(1、2)
(1.4) NF-1
NFI(A、B、C、X) · SMAD(R-SMAD(1、2、3、5、9) - I-SMAD(6、7) - 4)
(1.5) RF-X
RFX(1、2、3、4、5、ANK)
(1.6)碱性螺旋-跨-螺旋英语Basic helix-span-helix
(bHSH)
AP-2(α、β、γ、δ、ε)
 
(2) 锌指结构DNA作用区域
(2.1) 核受体Cys4
第一亚族:甲状腺激素受体αβ)、CAR、FXRLXR(α、β)、PPARα英语Peroxisome proliferator-activated receptor alpha、β/δ、γ)、PXR、RAR(α、β、γ)、ROR(α、β、γ)、
Rev-ErbA(α、β)、VDR
第二亚族(COUP-TF(I、II)、Ear-2英语V-erbA-related geneHNF4英语Hepatocyte nuclear factor 4(α、γ)、PNR、RXR(α、β、γ)、Testicular receptor(2、4)、TLX)
第三亚族(甾类激素英语Steroid hormone receptor雄激素、雌激素(α、β)、糖皮质激素、盐皮质激素、孕酮)、雌激素相关英语Estrogen related receptor(α、β、γ))
第四亚族NUR英语Nur (biology)(NGFIB、NOR1、NURR1) · 第五亚族LRH-1、SF1 · 第六亚族GCNF英语Germ cell nuclear factor · 第零亚族DAX1、SHP英语Small heterodimer partner
(2.2) 其他的Cys4结构
GATA英语GATA transcription factor(1、2、3、4、5、6) · MTA(1、2、3) · TRPS1英语Tricho-rhino-phalangeal syndrome Type 1
(2.3) Cys2His2
通用转录因子(TFⅡA、TFⅡB、TFIID、TFⅡE、TFⅡF(1、2)、TFⅡH(1、2、4、2I、3A、3C1、3C2))
ATBF1 · BCL(6、11A、11B) · CTCF · E4F1 · EGR(1、234 · ERV3 · GFI1 · GLI-Krüppel family(1、2、3、REST、S2、YY1) ·
HIC(1、2) · HIVEP(1、2、3) · IKZF(1、2、3) · ILF(2、3) · Sp/KLF家族KLF:1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、17,SP:1、2、4、7、8 · MTF1 · MYT1 ·
OSR1 ·  · WT1 · Zbtb7(7A、7B) · ZBTB(16、17、20、32、33、40) · zinc finger(3、7、9、10、19、22、24、33B、
34、35、41、43、44、51、74、143、146、148、165、202、217、219、238、239、259、267、268、281、295、318、330、346、350、365、366、384、
423、451、452、471、593、638、649、655)
(2.4) Cys6
HIVEP1
(2.5)交替composition
AIRE · DIDO1 · GRLF1 · ING(1、2、4) · JARID(1A、1B、1C、1D、2) · JMJD1B
(2.6)WRKY结构
WRKY转录因子家族英语WRKY transcription factor family
 
(3)螺旋-转角-螺旋结构域
ARX英语Aristaless related homeobox · CDX(1、2) · CRX · CUTL1 · DBX(1、2)  · DLX(3、4、5) · EMX2 · EN(1、2) · FHL(1、2、3) · HESX1 · HHEX · HLX · 同源框(A1、A2、A3、A4、A5、A7、A9、A10、A11、A13、B1、B2、B3、B4、B5、B6、B7、B8、B9、B13、C4、C5、C6、C8、C9、C10、C11、C13、D1、D3、D4、D8、D9、D10、D11、
D12、D13) · HOPX · IRX(1、2、3、4、5、6、MKX) · LMX(1A、1B) · MEIS(1、2) · MEOX2 · MNX1 · MSX1、2) · NANOG · NKX(2-1、2-2、2-3、2-5、3-1、3-2、6-1、6-2) · PBX(1、2、3) · PHF(1、3、6、8、10、16、17、20、21A) · PITX(1、2、3) · POU结构域(PIT-1、BRN-3: A、B、C、八聚体转录因子:1、2、3/4、6、7、11) · OTX(1、2) · PDX1 · ZEB1、2)
(3.2)配对框
PAX(1、2、3、4、5、6、7、8、9)
(3.3)叉头状/翼状螺旋
E2F1、2、3、4、5) · FOX proteins(C1、C2、D3、E1、G1、H1、K2、L2、M1、N3、O1、O3、O4、P1、P2P3
(3.4)热休克因子英语Heat Shock Factor
HSF(1、2、4)
(3.5)色氨酸簇英语Tryptophan clusters
ELF(2、4、5) · EGF · ELK(1、3、4) · ERF · ERG · ETS(1、2、SPIB) · ETV(1、4、5、6) · FLI1 · Interferon regulatory factors(1、2、3、4、5、6、7、8) · MYB · MYBL2
(3.6)TEA结构域
transcriptional enhancer factor(1、2、3、4)
 
(4) 具有小凹槽触点的β-支架因子
(4.1) Rel homology region英语Rel homology domain
NF-κB(NFKB1、NFKB2、REL、RELA、RELB) · NFAT(C1、C2、C3、C4、5)
(4.2) STAT
STAT1234、5、6
(4.3) p53样转录因子
p53 p63 p73家族p53 · p63 · p73 · TBX(1、2、3、5、19、21、22、Brachyury、TBR1)
(4.4) MADS盒
Mef2(A、B、C、D) · SRF
(4.7) 高迁移率族
BBX英语BBX (gene) · HMGB1英语HMGB12英语HMGB23英语HMGB34英语HMGB4 · HMGN英语HMGN、(1英语HMGN12英语HMGN23英语HMGN34英语HMGN4 · HNF(1A、1B) · SOX(1、2、3、4、5、6、8、9、10、11、12、13、14、15、18、21、SRY · SSRP1 ·
TCF/LEF家族TCF(1、3、4) · LEF1) · TOX(1、2、3、4)
(4.9) Grainyhead英语Grainyhead
TFCP2
(4.10) 冷休克域英语Cold-shock domain
CSDA、YBX1
(4.11) Runt
CBF(CBFA2T2、CBFA2T3、RUNX1、RUNX2、RUNX3、RUNX1T1)
 
(0) 其他转录因子
(0.2) HMGI(Y)
HMGA(1、2) · HBP1
(0.3) 袋状结构域
Rb · RBL1英语Retinoblastoma-like protein 1 · RBL2英语Retinoblastoma-like protein 2
(0.5) AP-2/EREBP-related factors
Apetala 2 · EREBP英语Ethylene-responsive element binding protein · B3(ARF · ABI3 · RAV)
(0.6) Miscellaneous
ARID(1A、1B、2、3A、3B、4A) · CAP · IFI(16、35) · MLL(2、3、T1) · MNDA · NFY(A、B、C) · ρ因子/σ因子
参见 转录因子/共调节因子缺陷英语Template:Transcription factor/coregulator deficiencies
Category:蛋白质生物合成模板